Oblasťou pôsobnosti colného laboratória je skúšanie tovarov pre účely:

• nomenklatúrneho zatriedenia do harmonizovaného systému opisu a číselného označovania tovaru, kombinovanej nomenklatúry a integrovaného colného sadzobníka,
• správy spotrebných daní,
• spoločnej poľnohospodárskej politiky Európskej únie,
• a ďalších činností vykonávaných finančnou správou.

V rámci expertíznej činnosti sa zameriava hlavne na analýzu vzoriek :

• obsahujúcich minerálne oleje,
• obsahujúcich lieh,
• ostatných potravín,
• ostatných komodít (napr. tabak, textil, plasty...),
• kontrolných známok.

Colné laboratórium je v rámci sekcie colnej Finančného riaditeľstva SR zaradené do úseku výkonu služby ako odbor. Nachádza sa v areáli Kriminálneho úradu FS na Bajkalskej ulici č.24 v Bratislave.

Colné laboratórium sa člení na dve oddelenia:

• Oddelenie laboratórnych analytických činností – vykonáva laboratórne skúšky a expertíznu činnosť na vzorkách zaslaných do CL. Podľa odborného zamerania sa v rámci vnútornej organizačnej štruktúry delí na šesť sekcií:

- Sekcia separačných metód I, HPLC,

- Sekcia separačných metód II, GC,

- Sekcia optických a spektrálnych metód,

- Sekcia metód skúšania fyzikálnych veličín ropných produktov,

- Sekcia metód skúšania fyzikálnych veličín a metód všeobecnej chémie,

- Sekcia izotopových metód.

• Oddelenie technicko-administratívnych laboratórnych činností – vypracúva názory a komentáre k výsledkom expertíznej činnosti, zabezpečuje logistickú činnosť, prijíma a metodicky riadi odber vzoriek a zabezpečuje komunikáciu medzi CL a colnými úradmi. Delí sa na dve sekcie:

  - Sekcia harmonizovaného systému,

  - Sekcia logistiky.

Colné laboratórium FR SR je skúšobné laboratórium akreditované podľa normy ISO/IEC 17025:2005 Všeobecné požiadavky na kompetentnosť skúšobných a kalibračných laboratórií, platné Osvedčenie o akreditácii č. S-132.

Oblasťou akreditácie sú:

1.fyzikálne a fyzikálno-chemické skúšky výrobkov z ropy a príbuzných výrobkov, výrobkov obsahujúcich alkohol, výrobkov obsahujúcich etanol, alkoholické a nealkoholické nápoje, tuhých, kvapalných a plynných chemických výrobkov ako aj grafická diagnostika kontrolných známok podľa fixného rozsahu akreditácie uvedeného v Prílohe 1 k Osvedčeniu o akreditácii č. S-132.

2.fyzikálne a fyzikálno-chemické skúšky výrobkov z ropy a príbuzných výrobkov, výrobkov obsahujúcich alkohol, výrobkov obsahujúcich etanol, alkoholické a nealkoholické nápoje, tuhých, kvapalných a plynných chemických výrobkov podľa flexibilného rozsahu akreditácie uvedeného v Prílohe 2 k Osvedčeniu o akreditácii č. S-132.

Zoznam akreditovaných činností flexibilného rozsahu je „Rozsah akreditácie“, ktorý zahŕňa činnosti pokryté flexibilným rozsahom a ktorý si samostatne riadi Colné laboratórium sekcie colnej FR SR - Zoznam.
Účelom Zoznamu je poskytovať aktualizovanú transparentnú informáciu aplikovania flexibilného rozsahu.

Informácia pre zákazníkov colného laboratória o flexibilnom rozsahu akreditácie a o pravidlách a postupoch zaradenia nových akreditovaných činností do Zoznamu.